Ассоциация портов и судовладельцев речного транспорта учреждена 22 февраля 1995 года как независимая негосударственная некоммерческая организация, объединяющая на добровольной основе предприятия речного транспорта с целью координации их деятельности в решении производственных, научно-технических, социально экономических задач; для правовой защиты,а также представления их интересов в органах государственной власти. АПСРТ активно и достаточно результативно работает в законодательных органах Российской Федерации, сотрудничает с государственными и общественными организациями.
В настоящее время членами АПСРТ являются более восьмидесяти организаций, осуществляющих свою деятельность во всех речных бассейнах России. В состав Ассоциации входят также бассейновые филиалы: Обский (г. Томск) и Югорский (г. Ханты-Мансийск). Кроме того, в качестве коллективных членов в АПСРТ входят бассейновые ассоциации регионов: Енисейская (г. Красноярск), Донская (г. Ростов-на-Дону). Ассоциированными членами являются: Ассоциация морских торговых портов (АСОП), Ассоциация российских экспедиторов (АЭР), Европейский союз река-море транспорта (ERSTU).
Приказом федерального агентства по техническому регулированию и метрологии от 20 июня 2008 года № 1980 по созданию технического комитета по стандартизации «Внутренний водный транспорт» (ТК 032) на АПСРТ возложены функции по его руководству, а также ведению секретариата.
В июле 2008 года между Федеральным агентством морского и речного транспорта и АПСРТ подписано Соглашение о взаимодействии по вопросам развития и устойчивого функционирования внутреннего водного транспорта, в котором конкретизированы все направления совместной работы.